面部颧骨肌肉疼的原因众多，主要分以下几种：

1、三叉神经痛：三叉神经痛分三支，眼支眼眶疼，上颌支即颜面部的颧骨区域，包括上牙槽，第三支是下颌支，可能是嘴唇下方，包括下牙槽，因此面部颧骨疼先考虑是否并发三叉神经上颌支神经痛，引发颧骨肌肉疼痛；

2、颞颌关节问题：颞颌关节出问题后，如颞颌关节紊乱、颞颌关节炎，部分病人会出现面部颧骨区域肌肉疼痛、僵硬；

3、其他问题：如非典型面痛，部分病人也会表现为面部颧骨疼痛，需精确诊断颧骨肌肉疼痛的病因、病灶。