女性发生黄体功能不全时，也有可能怀孕，因为患者还有排卵存在，卵子可与精子相遇形成受精卵，继而种植到子宫腔里。但黄体功能不全时，通常孕激素水平较低，此时可能不利于胚胎着床，或胚胎着床后不利于发育，即发生生化妊娠和胚胎停育。

部分女性出现黄体功能不全时，可影响排卵，有时会影响胚胎着床。在月经后半期，应注意观察孕激素，当女性孕激素水平较低时，应高度怀疑是否有可能出现黄体功能不全。若女性合并不良孕史，即生化妊娠或胚胎停育，应更关注月经后半期的孕激素水平。此时若患者出现孕激素水平较低，就要给予黄体酮补充孕激素。必要时若是怀孕的女性，可适当补充保胎药，来进行保胎治疗。因黄体功能不全的女性，发生怀孕时，临床上常出现不良孕产史。