肛周脓肿和肛瘘都需要手术治疗，肛周脓肿急性发作时先予以切开引流，形成肛瘘后再进行肛瘘手术；或者可以进行肛周脓肿根治术。一般是手术一次性解决肛周脓肿，不再形成肛瘘而进行二次手术，可以减轻患者痛苦，节约治疗时间和成本。

对于肛瘘的治疗，如果是低位肛瘘，可以直接行切开治疗。如果是高位肛瘘，用虚实结合挂线方法进行治疗，此方法与传统方法相比，患者痛苦小很多，因为它不再进行紧线，大大减少了患者痛苦，用丝线代替皮筋，疼痛感也减轻。未紧线对括约肌是一种保护，未完全切断括约肌，使括约肌得到部分保护，对术后肛门功能保护非常好。