输尿管结石碎石后患者疼痛的原因如下：

1、碎石通常需要几天，甚至一个月时间才能逐渐排出体外，碎石排出的过程中可以引起梗阻疼痛，是相对正常的现象；

2、碎石手术以后，输尿管内留置的双J管或者膀胱内留置的导尿管，可以引起输尿管或者是膀胱受到刺激，痉挛性的疼痛也可能引起局部的疼痛不适，也是碎石以后的常见症状，患者无需担心。

在碎石后可使用排石药物或者解痉止疼药物，帮助患者度过该时期，待碎石排净，导尿管、双J管拔出以后，通常疼痛症状就会消失。