癫痫手术永久性风险都应控制在1%以下，包括手术后出血、术后感染、术后神经功能障碍。永久性神经功能障碍发生率通常在2%以下，如果定位不准确、切除范围较大，神经功能障碍发生率仍较高，有5%、7%、20%，甚至更多。但部分认为偏瘫是功能障碍，也有部分认为偏盲是功能障碍。
如颞叶癫痫，为控制癫痫发生，有些医生认为控制癫痫比偏盲重要，所以可能造成部分功能障碍，有些病人可接受。但如果有些病人需开车，偏盲就非常重要，所以不能切除偏盲区域，手术中经过监测就可控制。目前多数开颅医生都会控制癫痫手术并发症，并控制到最低范围。不影响患者功能障碍情况下，通常切的范围越大，癫痫控制效果越好。
