经过正规抗结核治疗两年后，结核依然未治愈，即痰菌检查仍呈阳性，此类结核则称为难治性肺结核。难治性肺结核需要分析原因后进行治疗，若为耐药性结核，需根据细菌培养鉴定，继而根据药敏试验结果决定治疗方案。

还有部分患者为敏感细菌引起，但经过正规抗痨治疗，细菌还是无法消失，与病人本身体质有关。部分患者免疫力特别低下，如艾滋病合并结患者、糖尿病患者、自身免疫性疾病患者等，此类病人免疫功能特别低下，结核治疗效果也较差，需结合全身支持治疗方可控制结核。部分结核病人肺出现毁损，肺内出现瘢痕化、空洞、脓肿等，造成药物无法进入病灶，治疗也较困难，此类病人如果病灶比较局限，可通过手术治疗。