巧克力囊肿是一种病理改变，应根据患者的年龄、生育要求、病情严重程度选择不同的治疗方案，具体如下：

1、保守治疗：巧克力囊肿病情较轻且有生育要求，可积极促生育，使患者尽早怀孕，怀孕可以使巧克力囊肿得到改善；

2、微创治疗：如巧克力囊肿直径超过5cm，会影响女性生育，建议采用微创治疗，剥除囊肿，促进怀孕；

3、内分泌治疗：如巧克力囊肿不严重，患者也无生育要求，可以采取内分泌治疗，改善囊肿。同时对进入围绝经期女性采用内分泌保守治疗，直至绝经，绝经后巧克力囊肿可自行缓解。

因此巧克力囊肿的治疗，要根据不同的年龄、生育要求以及严重程度，采取不同的治疗方法。