如果患者早上起床以后口臭，而且总是特别严重的口臭，可能与患者的全身状态有一定的关系。比如较为严重的胃肠道疾病，包括胃十二指肠溃疡、胃食管反流综合征。由于消化道系统的紊乱，对食物的分解以及消化方面存在相应的紊乱，有可能会导致口腔异味发生。

另外，还有可能是由于患者的口腔卫生情况差，如吸烟，并且口腔有大量的牙结石、牙菌斑以及由于龋病而导致大量食物嵌塞在口腔，这些都会导致患者早上起来以后有严重口臭。对于这种情况，需要注意保持口腔的清洁，饭后漱口，早晚认真刷牙，并且要及时将这些致病物质去除，从而有可能改善早上起床严重口臭的问题。