植物神经紊乱的治疗存在一定难度，其治疗时间长短不一，效果也不完全一致，有些病情较严重的患者治愈后，仍可能出现反复的情况。植物神经紊乱的诊断，在排除器质性病变以后，针对单纯的植物神经功能紊乱，进行一定的调整以后，效果较好。但是如果遇到某些特殊情况、诱发因素，仍可能出现复发。

另外器质性疾病伴发植物神经功能紊乱，其预后较差。在治疗方面，除治疗基础病，还应兼顾植物神经功能的调节治疗，关键是根据基础病的治疗效果。其伴随症状可以随原发疾病的好转而好转，但是治疗疗程较长，治疗存在一定难度。患者应当配合医师，积极进行系统、正规的治疗，争取良好的预后。