试管婴儿长大后的弊端，目前并不明确。有报道称试管婴儿的自闭症发病率会高，但并不是单纯试管造成，还是父母双方不孕基因造成。

从第一例试管婴儿成功是在1978年英国开始，中国第一例试管婴儿在1988年开始，这些孩子长到现在，年龄只有20岁左右，所以可能的危害目前并不清楚。

从基本的发病状态看，应在早期发现，刚出生的孩子，试管婴儿比普通正常受孕的孩子脑瘫发病率高，自闭症发病率高。不能明确自闭症或脑瘫是因试管生产方式造成，还是父母是不孕体质基因影响造成。