过敏性鼻炎与过敏性结膜炎为因果关系，通常在临床上更多见的是过敏性鼻炎为因，即过敏性鼻炎先发生，引起过敏性结膜炎。临床上有时也会有患者先表现过敏性结膜炎，之后可以发生过敏性鼻炎。过敏性结膜炎发生时，结膜的症状比较重，鼻炎症状比较轻，由于结膜发生炎症时鼻炎已经存在，但由于症状不明显，掩盖发生的先后顺序，因此在临床上更多的是由于过敏性鼻炎引起过敏性结膜炎。

鼻腔黏膜与眼睛表面的结膜组织同属于黏膜组织，对于过敏原的刺激比较容易发生严重反应。眼睛表面在上下眼皮的边缘，即睑缘靠内侧存在上下泪小点，属于较小的小孔引流部分泪液。泪液引流最终引流到鼻腔，有时通过鼻咽部进入到口腔。当鼻黏膜发生过敏性炎症时，充血、水肿包括过敏性刺激，有时可以通过泪道，也从泪小点到鼻腔黏膜这部位的管道称为泪道，通过泪道逆流反流进入患者眼睛表面，即结膜囊。因此当过敏性鼻炎长时间存在，会导致过敏性结膜炎。