临床上新生儿缺氧缺血性脑病惊厥发作时首选药物是苯巴比妥，该药除控制惊厥外，还可以改善缺血区域的脑血流供应，也具有清除氧自由基的作用；但对肝功能不良者应慎重使用此药，建议改用苯妥英钠；如果经过上述药物治疗后仍不能控制惊厥，可考虑加用安定或者水合氯醛，也可以使用咪达唑仑持续静脉给药以控制惊厥。
中度、重度惊厥是新生儿缺氧缺血性脑病常见的症状之一，惊厥通常提示患者脑损伤比较严重，持续惊厥超过一周是提示预后不良，反复惊厥可以进一步加重脑损伤，因此有必要采取措施控制惊厥。由于缺氧缺血性脑病的病人容易出现低血糖以及低钙、低钠血症等电解质紊乱，诱发惊厥，因此在控制惊厥的过程中，还应注意纠正血糖和电解质紊乱。
