胎儿是否健康与人工授精无关，人工授精从本质上是把丈夫精液留取后，在体外进行优化培养，即用培养液在二氧化碳箱里孵化一段时间，同时还进行洗涤、离心等处理，对精子无害，因此人工授精不会对后代造成影响。女性怀孕本身有机会发生胎儿畸形，尤其是年龄大的女性，因为卵子比较老化，可能造成染色体不分离的情况，年龄大的人，胚胎染色体异常的机会比较多。
不管是人工授精还是自然怀孕，或者做试管婴儿，孩子畸形的机会都是均等的，不用太过于纠结是不是因为做人工授精导致孩子畸形的发生率增加。任何一个治疗不孕的医生都不会担保出生的孩子一定没有问题，发生率和正常怀孕差不多，如果怀孕后按照规定做产前检查，必要时做产前诊断，完全能确诊。
