绝大多数骨囊肿不需要处理，可以观察，采取保守治疗，对于少数有症状的或增大明显的骨囊肿，可以采取手术刮除、植骨的方法。骨囊肿属于良性病变，即使不给予处理，也不会变成恶性组织，而且骨囊肿在很多情况下进展缓慢，采取保守观察的方法，一般不会有短期内快速的进展。这种保守的方法需要定期复查，可以通过某些检查，比如X线片或核磁共振，来判断骨囊肿的变化。
对于比较小的骨囊肿，比如1-2mm，可以保守治疗，但是当骨囊肿增大到＞4-5mm，并且合并有症状时，比如疼痛、不舒服，此时可以考虑保守治疗以外的手术治疗。手术的目的就是将骨囊肿的囊壁刮除，同时对刮除以后骨囊肿所遗留的骨空腔进行植骨治疗。对于这种植骨治疗，最好是通过微创的方法，在临床上，也有很多通过关节镜的方法，来治疗骨囊肿。
