先天性心脏病的病因尚不明确，目前认为是由遗传因素和环境因素共同作用造成。大多数先天性心脏病认为是多基因遗传缺陷引起，部分可由单基因遗传或染色体畸变异常引起，而遗传因素仅占比较小，大部分为环境因素影响。

通常妊娠前2-3个月是胎儿心血管发育最重要时期，在此期间如果孕妇感染病毒、服用某些药物、射线辐射、接触化学药品、环境污染等，可能引起胎儿心血管发育异常。先天性心脏病可单独由遗传因素引起，也可单独由环境因素引起，但绝大部分是由两者共同作用所引起。