导致儿童癫痫的原因较多，包括结构性、免疫性、遗传性、代谢性、感染性，还有不明的病因。

对于患儿可以进行头部磁共振、头部CT、PET-CT等检查，从而观察脑部结构是否异常，明确癫痫灶是否由结构异常导致；遗传性、代谢性类疾病目前较多，目前由于基因检测方法的提高、医学进展，发现儿童癫痫可由遗传性、代谢性疾病引起，如苯丙酮尿症、甲基丙二酸血症等；感染性癫痫即存在感染因素；而通过免疫指标检测可以判断是否为免疫性癫痫；不明原因的癫痫即通过检查无法检查到病因，至少目前病因不明。随着以后的医学发展，可能找到致病原。如遗传、代谢性疾病，目前发现有致病基因，但以后随着医学的发展，也可能是由其它原因导致。结构性、遗传性、代谢性疾病比较多，但现在有越来越多的专家、学者认为免疫性、感染性癫痫越来越多见。