任何手术都具有一定的风险，肝内胆管结石手术视两种手术方式而定。如果是内镜手术，风险很低，通过内镜微创有利于肝脏的恢复，因为不损伤肝脏，肝功能不受影响，肝内胆管内镜手术几乎没有风险。
如果是需要切除肝脏的手术，还是存在一定风险，但是总体来说风险比较低。胆管手术是整个外科系统全程缜密经过耐心讨论，风险较小。只需考虑手术方面的问题，风险比较小，真正意义的风险可能更多与个人体质有关系，包括年龄、血压状况，是否有冠心病、心肺功能疾病。高龄病人，血糖高、合并心脏病，风险很高。
综合来说，风险与个人因素有很大关系，要具体情况具体分析。
