扁平疣也属于疣的一种，是病毒性的感染，可以治疗，但是不能根治。既然是病毒性的感染，说明有病毒接触人体，种植在皮肤表面，并且患者身体的免疫力不够，不能够监控病毒，不能够去除病毒，两个条件合在一起才会得病，也就是条件致病。可以通过两个手段治疗，杀灭扁平疣的病毒或清除扁平疣，还有提高身体的免疫力，通过提高免疫力间接杀灭病毒。因为是条件致病所以不能根治，某一阶段免疫力下降后又接触病毒，两个条件合在一起还会复发，所以根治是做不到的，但是可以想办法把患者的扁平疣清除之后，通过对患者的身体的调理，或药物调理，或通过自身的锻炼，让患者的免疫力比较长时间的维持在高峰值。就是中医所谓的正气存内，邪不可干，即使再遇见扁平疣病毒接触到皮肤表面，也不会再发病。
