胃镜检查对身体没有伤害，多数小儿做胃镜的原因为怀疑有上消化道疾病、胃食管疾病。胃镜常规分为普通胃镜和无痛胃镜，常规普通胃镜为经过咽喉部的局麻进行胃镜检查。无痛胃镜为通过静脉麻醉后进行胃镜检查，麻醉药物存在过敏风险。但麻醉师在进行麻醉之前会进行评估，过敏意外的发生概率较低。

小儿胃镜检查与成人相同，左侧卧位躺在床上，胃镜从口咽部伸入，经过食管到达胃内，到达胃后充分注气，使胃黏膜撑开，观察胃黏膜病变。对于有特殊病变的患儿，需从胃镜器械管道将活检钳子伸入，取一小块胃黏膜进行病理检查。因此，胃镜整个操作过程，并没有严重损害。但检查后患者会有咽喉部不适，且因充分打气，患者可出现腹胀感觉。通常胃镜检查完毕后，不适症状即可消失，不会产生后遗症。