习惯性流产的发生原因很多，临床中习惯性流产大部分是由于宫颈异常所导致，但是对于12周之前的流产属于早期流产，12-28周是晚期流产。对于早期流产的患者经过临床分析和总结，病因首先考虑可能与父母双方的染色体异常具有关系。如果出现2次甚至2次以上的习惯性流产，建议父母双方检验染色体，如果排除染色体的异常，要考虑备孕的妈妈本身是否存在一系列的疾病，如自身免疫系统疾病以及易栓症、血栓性疾病等，都会导致妊娠的孕囊、孕胚出现问题，导致在怀孕早期出现流产。
另外，内分泌系统疾病比如甲状腺功能异常、血糖异常，以及母亲本身生殖脏器的问题，比如宫颈机能不全，也会导致患者在怀孕期间出现习惯性流产。同时还要检查父亲有没有合并部分疾病，或者有没有服用药物，如是否存在高血压疾病，精神类的药物都有可会导致精子质量的异常，精子异常也会导致受精卵异常，机体进行自然识别后，就会出现反复的习惯性流产。
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