脑血栓的形成是一个凝血过程，要防止脑血栓往往是进行抗血小板聚集。因为血小板聚集是一个凝血启动的过程，所以防止脑血栓的办法就是用一些抗血小板聚集药物，像阿司匹林、氯吡格雷物，防止脑血栓。
脑血栓的基础是动脉硬化，抗动脉粥样硬化时也是从基础上进行治疗，比如他汀类药物在抗动脉粥样硬化有一定作用。如果有高胆固醇血症，又加上有动脉粥样硬化斑块，这时就可以用他汀类药物防止脑血栓。
脑血栓动脉粥样硬化的基础有时候和高血压有关系，要注意防治高血压，把血压控制好，也可以防止脑血栓。如患者凝血功能出现异常，容易形成血栓，要进行抗凝治疗，比如有一部分病人来自于心脏房颤，房颤后心脏容易形成附壁血栓，这时可以给予抗凝治疗，防止心脏形成附壁血栓，防止血栓将来脱落堵到脑血管。既可以进行抗血小板聚集治疗，又可以进行他汀类抗动脉粥样硬化，也可以注意控制血压，还可以对心脏方面引起的心脏附壁血栓进行抗凝治疗，可根据病人具体情况采取具体防治措施。
