卵巢囊肿和巧克力囊肿是两种疾病，卵巢囊肿可能是生理性或病理性，生理性囊肿一般是在月经周期中出现的现象，并非新生肿物，一般2-3个月后会自行消退。卵巢囊肿是新生肿瘤，大部分属于良性，只有个别情况为恶性，一般良性囊肿问题不大，若为恶性囊性变，则存在一定问题。

巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，并非新生肿瘤，是子宫内膜异位到卵巢上，随周期性子宫内膜剥脱，在卵巢上逐渐形成囊性肿块。主要是因有周期性出血，出血颜色逐渐加深，形成巧克力样。一般不严重，但巧克力囊肿较易复发。