心肌炎患者最常见的后遗症，通常是心律失常，比如室性早搏、房性早搏，在患者再次感染或者在劳累时，可能出现次数增加。除此之外，部分心肌炎患者由于严重的心肌细胞损伤和水肿，会导致心功能下降。随着治疗方案不断调整，有可能心功能会得到有效改善。

另外部分预后不佳的患者，心肌发生重塑，这时心肌或者心脏结构发生变形，心力衰竭得不到有效改善，最后发展为扩张型心肌病、心力衰竭等。总之，心肌炎患者在急性期应该积极治疗，否则容易残留心律失常，或者导致心肌扩大，心脏扩大会导致心力衰竭的发生。