恶性胃肠道间质瘤一部分可以治愈，一部分可以通过药物控制达到很好的治疗效果。恶性胃肠道间质瘤一般指的是复发转移胃肠道间质瘤，还有部分初始肿瘤较大不可切除或者潜在可切除的胃肠道间质瘤。手术切除的原发胃肠道间质瘤中，复发转移的风险比较低，总的复发概率大概在30%，部分可以被治愈。中危和高危的胃肠道间质瘤有转移复发的可能，危险度越高，转移复发的可能性越大，随着肿瘤的不断耐药和复发，患者的身体状况一般也会越来越差。
酪氨酸激酶抑制剂对不可切除和术后复发转移的晚期胃肠道间质瘤，控制率比较高，因此这部分恶性胃肠道间质瘤患者，需要口服靶向药物进行治疗，比如伊马替尼，尽可能使肿瘤不发生进展，达到带瘤生存的状况。但这种状况下肿瘤不能被称为治愈，但是可以通过靶向药物控制病情，让患者维持比较好的生活质量。
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