胆囊通过胆管连接胆总管，肝内胆汁经过肝胆管到胆总管和胆囊里。患者进食时胆囊收缩，胆汁送到胆囊管进到胆总管里，排到肠管帮助消化。结石如果堵在胆囊管，胆囊胆汁无法排出，嵌顿可引起急性胆囊炎发作。胆囊结石如果直接刺激胆囊壁，会引起胆囊炎发作，反复刺激胆囊壁是恶性刺激，即反复慢性刺激可能会引起胆囊壁恶变，形成胆囊癌。
结石把整个胆囊充满，胆囊会失去功能，结石反复刺激胆囊会萎缩，称瓷化胆囊，是形成胆囊恶性肿瘤的原因。胆囊炎症较重可引起胆囊壁坏疽、穿孔，胆汁穿破胆囊壁，到腹腔中引起急性腹膜炎，也会引起胆道感染。石头如果掉在胆管里，胆汁无法分泌，会引起胆管梗阻甚至胆管炎，最严重可引起急性化脓性梗阻胆管炎。急性化脓性梗阻胆管炎是较重的感染，患者感染会有休克甚至死亡。如果石头堵在胆管和胰腺共同段，会引起胰腺炎。
