幽门螺杆菌检查阴性，理论上说明没有幽门螺杆菌感染。但是有时幽门螺杆菌阴性有可能是假阴性，所以在临床上应该排除检测出现假阴性的情况。如果仪器设备或试剂有问题，需要在一定的温度下，一定的反应时间内，才可以显示出真正的结果。所以在临床上做尿素酶试验，在冬天时环境温度很低的情况下，反应时间需要更长，如果反应时间不够，可能就会出现假阴性的结果。
另外，也与进行检测时所处的时机有关，如近期吃过抗生素或吃过铋剂，甚至强的抑酸药，这些药物会影响到细菌检测。这时胃内的细菌实际上并没有清除，而是被这些药物给抑制，所以检测会出现假阴性的结果。对于萎缩性胃炎的病人细菌负荷会非常少，比较低的情况下也会出现假阴性，这时需要再重复进行检测。
