灰指甲的根治相对比较复杂，如果灰指甲面积非常小，建议外用抗真菌药膏治疗。但因为灰指甲的指甲生长速度非常慢，所以外用药膏一般需要使用比较长的时间才能根治。一般在门诊建议患者要一直使用药膏，一直到有问题的指甲消失，完全被新生的健康指甲代替后才能停止用药，上述为小部分指甲受累时采用的外用治疗方案。

当指甲受累面积非常广泛，或者受累指甲非常多时，单单用外用药膏已经无法达到根治目的，可给予患者使用系统抗真菌治疗，比如口服抗真菌药物。但抗真菌药物都是处方药，患者需要去正规医院由医生开具。