以前认为先天性心脏病最主要病因是外因，是由于怀孕期间发生感冒、病毒感染以及环境污染因素、射线等引起。现在研究发现在外因的基础上，有些病人有内在因素，即现在研究发现先心病与基因突变有较大关系，是一种遗传性先心病。尤其是在室间隔缺损、主动脉瓣病变时，只要有基因异常出现，患者常会出现对应的先天性心脏病。

但是有些因素可以预防，即怀孕早期要注意休息，远离污染环境、远离射线，尤其是要远离各种病毒感染，可以使先心病发病率显著降低。对于患有遗传性先心病的患者，可能需要做基因筛查，才能明确发病风险。