引起口腔扁平苔藓的病因不一，有很多因素综合作用，对患者适应自身的方案是最佳治疗方案。
目前对于口腔扁平苔藓的治疗是以药物治疗为主，但没有特效药物，有些药物虽然能够取得一定疗效，但大多数情况下，在治疗时虽然取得了显著效果，但在治疗终止以后，非常容易复发，难以达到根治目的。现在药物治疗分为局部治疗和全身用药两个方面，现在有了药物治疗的同时，身心调节在治疗口腔扁平苔藓中的作用已经越来越受到重视，对病损区没有充血、糜烂，又没有自觉症状的患者，可以在身心调节的情况下加以观察，同时要注意调节全身状况。
同时还需要注意口腔扁平苔藓如果长期糜烂，病损有恶变现象，虽然恶变率比较低，只有0.4%-2%，但WHO已经将口腔扁平苔藓列入癌前状态范畴。对于临床高度怀疑的病损，一定要进行组织病理学活检，已经癌变的病损部位手术要切除，若面积较大、范围较广，可以在术前或术后配合放疗或化疗。对于口腔扁平苔藓的患者，不管是否癌变，一定要定期复查、随访。