小便时尿道刺痛，常见的原因有很多种，具体要结合排尿症状，必要时可以结合辅助检查来明确。

1、感染：如果排尿时尿道明显刺痛，还伴随着尿急、尿频等不适症状，尿常规化验里面尿液白细胞、红细胞数量明显超标，最常见的原因就是尿道炎，或者是急性膀胱炎、尿道炎导致。当局部清洁卫生不佳，或者是由于性生活等原因，会导致膀胱和尿道炎症。

2、结石：小便时尿道刺痛，还可以见于结石，当尿路有结石的时候，结石刺激也会引起排尿时尿道刺痛症状。输尿管下段结石或者膀胱结石，结石刺激尿路黏膜，也会导致膀胱尿道排尿时尿道刺痛。

3、外伤：当泌尿系统有外伤时，外伤也会导致排尿时尿道刺痛。

所以，具体原因要结合伴随症状和相关的辅助检查结果。