女性肛门湿疹，在治疗用药方面和其他类型的湿疹基本一致，在此基础上，由于肛周属于特殊的皮肤黏膜交界部位，常因过度搔抓、热水洗烫，而呈现出明显的红肿、渗出、糜烂；长期反复发作，可呈现出以皮肤苔藓样变为主的慢性化趋势，所以治疗上需要在常规湿疹治疗的基础上结合具体病情给予细微调整。
　　内用药物治疗方面，治疗目的以抗炎、止痒为主。各种抗组胺药是肛门湿疹治疗的基础性用药，必要的时候可以根据病情需要多种联合使用，部分严重的急性期患者可以短期联合糖皮质激素治疗，用于减轻红肿、糜烂、渗出等急性皮肤黏膜炎症反应。
　　外用药物治疗方面需要结合不同时期的皮损特点选择合适的外用药物，特别是在药物剂型方面需要给予合适的选择。如急性期无渗出时可使用糖皮质激素乳膏，而伴有明显渗出时则选择硼酸溶液湿敷更为合适，而亚急性期和慢性期则以糖皮质激素乳膏、软膏更为适用。需要注意的是由于肛周皮肤薄嫩，需要避免使用含有酒精等止痒成分的刺激性外用药物，以避免引发肛周皮肤黏膜疼痛不适，激素类药膏不能长期使用，可以选择与非激素类药膏交替或循环使用。为了减少复发可以使用非激素类药物维持治疗一段时间。