子宫颈腺囊肿又叫作宫颈纳囊，大多数情况下是子宫颈的生理性改变，也可能是慢性宫颈炎常见的一种表现，一般无症状时不需要特殊治疗，囊肿较大及伴有明显炎症的可以选择药物、物理治疗或者进行切开引流。
对于子宫腺囊肿伴有明显炎症的可以选择应用消炎药阴道上药，比如应用甲硝唑栓剂。也可以选择应用清热、解毒、利湿的中药洗剂清洗，比如应用红核洗剂冲洗，然后再应用消炎栓剂阴道上药。阴道炎症的消退有利于囊肿内分泌物的吸收。
其次，对于数量较多的子宫颈腺囊肿，应用药物治疗效果不显著的，推荐应用物理疗法。比如可以选择电熨、微波、冷冻、激光以及射频等对其进行消除，物理疗法风险小，创伤小，操作性强，并发症少。
对于体积过大的子宫颈腺囊肿，可以选择局部切开，将内在的腺体分泌物引流排出，囊肿体积会减小，而后可以选择以上的物理疗法。
另外为了防止及有效治疗囊肿，平时要注意性生活的洁净，避免不良刺激，养成良好的卫生习惯。
