幽门螺杆菌感染是消化系统多种疾病的治病因素，如果检查中发现幽门螺杆菌阳性，则应该行抗幽门螺杆菌治疗，否则，能够引起胃炎、胃十二指肠溃疡，甚至胃癌、十二指肠癌等多种疾病的发生。
目前市面上还没有哪一种药物能够单独根除幽门螺杆菌，一般采用联合用药来治疗。如三联疗法、四联疗法等。三联疗法包括一种质子泵抑制剂加上两种抗生素，质子泵抑制剂临床上一般选择奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶胶囊、泮托拉唑钠肠溶胶囊，抗生素可选用青霉素类、喹诺酮类、氨基糖苷类、大环内酯类、呋喃类等，临床上阿莫西林+克拉霉素+雷贝拉唑钠肠溶胶囊的三联疗法，服用10-14天后，停药1月复查，根除率比较高。若仍为阳性，应该在上述三联疗法的基础上再加上一种铋剂，如胶体果胶铋、枸橼酸铋钾、铝酸铋等，起到辅助杀菌的目的。
进行抗幽门螺杆菌治疗后，应该复查，若仍为阳性，应该换用敏感抗生素再次杀菌治疗。再者，抗幽门螺杆菌治疗后应该注意预防再次感染。
