脑炎住院时间和病因、病情严重程度、患者身体素质、有无并发症等原因有关，一般病毒性脑炎需住院治疗14-21天。
脑炎常见的病因有病毒、细菌、结核杆菌、真菌等病原体感染。其他原因还有变态反应性疾病，如自身免疫性脑炎、急性播散性脑脊髓炎等。通常所谓的脑炎多指病毒性脑炎，其住院治疗主要是抗病毒治疗和对症治疗，具体包括卧床休息、保持呼吸道通畅，必要时吸氧、吸痰，注意保暖，供给一定的水分、营养及电解质，减轻脑水肿、抗癫痫、预防并发症等，一般需要14-21天。如果脑炎程度较重、并发症较多，额治疗的时间就会相对延长。
脑炎患者出现昏迷、呼吸衰竭等表现，表明预后较差。部分患者可智能障碍等后遗症、遗留肌肉瘫痪、肢体瘫痪、癫痫。
