颅骨修复的选材问题一直是个大问题。颅骨修补材料的选择其实要求是很高的，如果材料不适合自身的生理环境，那可能出现各种严重问题，造成很多不适，甚至可能危及生命。
　　因为是需要向头部置入材料替代颅骨，来重塑完整闭合的颅腔环境，这其实类似于器官移植，只不过移植的并非活体器官，而是相应的修补材料。器官移植最怕的就是组织不相容，而出现排异反应，而颅骨修补同样存在这样的问题。临床上很多情况下也会出现因材料组织相容性差而导致术后排异反应的发生，甚至最后头皮破坏，材料外露。
　　那么有的患者问颅骨修复可以用自体骨吗，用自体骨是不是就可以解决排异问题了呢!其实在颅骨修补术的发展史上，也确实有过使用自体骨修补的先例，比如用胫骨、肋骨、肩肿骨、骼骨及胸骨等作为颅骨替代物，但是也存在诸多问题。首先是取材有限，人体骨骼就那么些，各司其职，修补了颅骨可能就造成另一处的缺损;另外需要开辟第二术区，创伤更大，风险更高;很多情况下自体骨移植后，可能会被吸收，还有就是自体骨结构形状是固定的，难以塑形，等等问题。所以自体骨修补早已被淘汰。
　　目前最为理想的颅骨修补材料要数聚醚醚酮PEEK材料了，该材料具有相当好的组织相容性，不会有排异反应。另外PEEK材料各项性能都与自体颅骨十分接近，逐渐成为颅骨修补材料的最新趋势。