目前来说治疗细菌性阴道炎主要以复方甲硝唑阴道栓、替硝唑、双唑泰栓为主，其中甲硝唑对厌氧菌的杀灭力最强，但最好的栓剂因人而异，详细说明如下：
1、妊娠期妇女：如果是妊娠合并细菌性阴道炎，这一类特殊人群，可选用克林霉素栓来进行治疗，因为其中甲硝唑属于孕期禁用药，而替硝唑也有一定风险性，因此妊娠期妇女可选用克林霉素栓；
2、过敏者：如果患者对某种药物过敏，选择药物时应避免使用致敏药物。如果患者对甲硝唑过敏，在治疗上则需选择其他药品；
3、一般人群：如不存在上述两种情况，临床上一般会应用甲硝唑栓剂来治疗细菌性阴道炎，因为甲硝唑具有较强抗厌氧菌活性、抗加特纳菌活性，而无抗乳酸杆菌活性。
无论是选用什么药物治疗细菌性阴道炎，单靠药物很难彻底治愈，甚至存在反复发作的可能，因此在生活中也应该有所注意，在治疗期间需要禁止性生活和盆浴，注意外阴的清洁干燥，内裤要用开水烫洗，同时要穿宽松、纯棉的内裤，不能穿过紧、不透气的内裤，以免大量细菌滋生。另外如若病情反复发作，需要考虑患者阴道微生态环境差，严重失调，需要加强自身体质锻炼，可以给予阴道用乳杆菌活菌胶囊改善阴道微生态内环境。
