空腹喝牛奶肚子疼主要是由于乳糖不耐受引起。乳糖不耐受可能是先天乳糖酶缺乏，或者后天发生炎症性肠病、药物或手术等因素损伤肠黏膜，使得小肠上皮乳糖酶活性暂时性或永久性下降，甚至缺失，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖，导致食用乳糖后出现腹痛、腹泻、恶心呕吐等症状。
如果空腹喝牛奶肚子疼，明确是由乳糖不耐受引起，需遵医嘱服用益生菌制剂，如双歧杆菌、乳酸杆菌，或服用乳糖酶，注意腹部保暖，适当按摩腹部，可以改善症状。日常需注意饮食，在选择牛奶的时候尽量选择酸奶、无乳糖的牛奶，同时避免空腹饮用牛奶。一般减少母乳或牛乳后腹泻会逐渐停止，预后良好。
另外，乳糖不耐受有可能由胃肠痉挛、肠炎等疾病诱发，故在空腹喝牛奶出现肚子疼的时候，还需明确有无消化道疾病。
