糖皮质激素的大剂量冲击疗法主要适用于治疗某些与自身免疫相关的疾病，尤其是在这些疾病的活动期，这些疾病分布于各种不同的科室，具体如下：

1、内分泌科主要是甲亢相关性突眼，在突眼情况比较严重，同时处于活动期的时候可以应用糖皮质激素，这种冲击能够在短期内对自身免疫导致的局部浸润症状有所改善，减轻眼部的突出情况。

2、风湿免疫科疾病中，比如某些关节炎等，可以考虑应用糖皮质激素，但是具体的使用要根据具体的诊断情况来确定，否则滥用大剂量的糖皮质激素冲击，会导致糖皮质激素的副作用，比如股骨头坏死、胃肠道的炎症、出血等，会导致非常严重的损害。