苦瓜生吃、熟吃均可，但需注意苦瓜性寒，脾胃虚寒即食用寒性食物容易腹痛、腹泻的人群不宜生吃，食用后可能会使症状加重，孕妇也应尽量少吃，寒性食物可能会增加子宫异常收缩的风险。食用苦瓜时还应尽量避免同时食用其他寒性食物，如螃蟹、冬瓜等，以免刺激胃肠道，引发不适。
苦瓜作为药食同源的食物，具有清热、解毒、明目的功效，适当食用对于中暑、痢疾、眼痛、消渴(糖尿病)等病症有一定帮助。特别是上火的人群，适量食用苦瓜可以帮助清热降火。同时，苦瓜富含维生素C、钾元素、苦瓜皂苷、苦瓜多糖、苦瓜黄酮等，而糖、蛋白质、维生素B族等营养元素偏少，且苦瓜生吃时营养成分摄入会更全面。另外研究发现，苦瓜中含有清脂素，生吃对于减肥人群有益。
苦瓜有苦味是其含有的苦叶素以及野黄瓜汁酶相互作用导致。若觉得苦瓜生吃苦味太重，也可熟吃，但部分营养成分也会有所流失。可根据自身需求选择食用方法，老年人以及对味道较为敏感的人群，建议将苦瓜烹制熟后再食用。
