经颅磁刺激治疗自闭症只能有一定的效果，因为经颅磁刺激对于脑部的神经发育有一定的刺激作用，所以对于自闭症的儿童，尤其是对于大脑发育还没有成熟的儿童有一定的效果。

但是目前情况下自闭症患者最好积极的进行感觉统合训练，以及言语表达训练，最好通过系统的心理辅导以及特殊的教育，让自闭症的儿童达到康复的目的，不能只是依靠经颅磁刺激，否则可能会延误病情。