卵巢巧克力囊肿手术后有可能会复发，因为巧克力囊肿本身就是由于子宫内膜异位在卵巢，并且周期性的出血才形成囊肿，手术后具有活性的子宫内膜细胞很可能随着月经周期再出血，就会导致复发。

所以，对于卵巢巧克力囊肿术后的病人，临床上往往会给予达菲林治疗，一般用药时间为半年左右，主要目的就是避免复发的可能性。对于卵巢巧克力囊肿术后的病人，一定要定期复查B超，在没有不舒服的情况下，建议每半年做一次B超检查，主要了解盆腔内是否有复发的病灶。