月经期最后两天流褐色不应该同房，此时月经没有完全干净。同房后可能会出现阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、痛经、子宫内膜异位症等情况，不利于身体健康。如果想要同房，建议在月经干净后再进行。

1、阴道炎：在月经期，女性的免疫力相对比较低，如果在同房前后没有注意个人卫生，导致细菌等病原体滋生并刺激阴道，会引起这种情况。需要遵医嘱使用甲硝唑栓、替硝唑栓等进行抗感染治疗。

2、宫颈炎：如果细菌等从阴道上行感染，并且刺激宫颈，可诱发宫颈炎，与月经期同房有一定的关系。此时需在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟片等进行治疗。

3、子宫内膜炎：在月经期，子宫内膜仍然存在脱落的情况，如果此时同房，可能会导致子宫内膜出现感染的情况。为了改善病情，应遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物。

4、痛经：如果在此时同房，动作比较激烈，可能会导致子宫收缩，从而出现腹部疼痛。需要在医生指导下使用布洛芬胶囊、对乙酰氨基酚片等缓解不适。

5、子宫内膜异位症：如果在同房的过程中，导致经血逆流，可能会造成子宫内膜异位在其他位置。此时可能需要通过手术将病变切除，彻底改善病情。

除此之外，还可能会导致子宫腺肌病或者是不孕症等。为了避免对身体健康产生不利影响，建议暂时停止同房。如果同房后出现不适，应及时到医院的妇产科就诊。配合医生进行体格检查、白带常规检查等，从而明确诊断。