扁平疣初期如果疣体数量不多，可以暂时不用治疗，身体抵抗力强时疣体可以自行消退，如果怕疣体增多、增大，可以到医院用激光、微波去除。如果疣体数量多用干扰素凝胶、鬼臼毒素酊、维A酸软膏擦患处，口服胸腺肽、转移因子胶囊等增强身体抵抗力的药物治疗。

由于本病是病毒感染所致，有传染性且可以自行接种，在治疗期间患者的生活用品与贴身衣服要和其他人的分开，防止交叉感染，因局部瘙痒用手搔抓疣体后，需要将手清洗干净再接触身体其它部位，防止病毒感染其它部位的皮肤使其扩散。治疗期间加强锻炼，不吃辛辣、油炸、海鲜等刺激性食物，可防止扁平疣增大、增多，有辅助治疗作用。