秃发性毛囊炎的根治方法，要根据两个步骤进行治疗。

一、积极的治疗原发疾病，出现毛囊炎性的皮疹，说明毛囊皮脂腺附属器出现炎症反应导致，需要口服盐酸米诺环素胶囊或者阿奇霉素干混悬剂，外用克林霉素磷酸酯凝胶或者夫西地酸软膏涂抹。还可以配合应用半导体激光、氦氖激光、脉冲激光照射，促进局部炎症的消退。

二、促进毛发的生长，由于炎症可以破坏毛囊，造成毛囊出现瘢痕，引起秃发，不易再生长，此时可以选择米诺地尔酊涂抹，也可以应用308nm准分子激光照射，加强抗炎、恢复皮肤的疗效。