丝状扁平疣主要是由于人类乳头瘤病毒感染引起的，在治疗上首先应该进行抗病毒治疗，可以外涂咪喹莫特软膏，或者重组人干扰素α-2B软膏进行治疗，也可以涂抹维A酸软膏或者他扎罗汀乳膏进行治疗。同时可以应用中药汤剂口服的方法，主要的组成成分是板蓝根、大青叶、红花、赤芍、木贼、香附等，煎水200ml，每日两次。

可以把剩余的药渣再次煮水，用无菌棉签蘸取药液，轻轻的擦拭患处，也可以起到治疗的作用。同时需要配合西药的免疫调节药物，如胸腺肽肠溶胶囊或者匹多莫德口服液，提高机体的免疫能力，加强抗菌、抗病毒的能力。