漱口水的正确使用方法是含一口漱口水，做口腔颊部鼓漱的动作，使漱口水在口腔内能充分与牙齿、牙龈接触，并利用水力反复地冲洗口腔各个部位，尽可能的清除掉存留在口腔内的食物残渣。如果漱口水正确使用可以去除口腔内的食物残渣和部分软垢，但是它不能完全清除牙齿上的结石、菌斑和软垢，因此它不能代替刷牙。
漱口水种类较多，可以是淡盐水、茶水、白开水等，也可以是添加氟化物等成分的漱口水。在使用添加有特殊成分的漱口溶液时，应该根据医生推荐的漱口水种类，严格按照说明书使用。如果是过敏体质的患者，在使用漱口水前，需询问医生漱口水内是否含有导致自己过敏的成分，避免机体出现过敏等不适症状。部分漱口水需稀释后再用，应在医生的指导下，或者根据说明书上进行配比稀释，部分漱口水在使用之后，需要用冷开水清洁口腔。对于含药物的漱口水不推荐长期使用，比如含洗涤肽的漱口水，可能会打破口腔内的细菌平衡。
