伤寒病变最明显的部位是肠道，比较容易出现的是肠出血和肠穿孔。其中肠出血是最常见的并发症，尤其是伴有腹泻的患者更容易出现肠出血。出现少量的肠出血时，一般没有明显的症状，或仅有轻度的头痛、脉搏增快。大量的肠出血时，会出现温度骤降，脉搏变得很快，体温和脉搏呈交叉的现象，并有头晕、面色苍白、烦躁、出冷汗，以及血压下降等休克的表现。

严重者出现肠穿孔，肠穿孔经常表现为右下腹剧烈疼痛，伴有恶心、呕吐、出冷汗、呼吸急促、意识模糊，以及体温、血压都下降。肠穿孔是伤寒病人严重的并发症，严重时可危及生命。