增强CT和增强核磁共振相比，前者副作用更大，这是由两者的成像原理不同决定。CT的本质是X射线检查，对人体有一定的电离辐射作用。增强CT时由于要注射对比剂，所以对人体又多了对比剂的副作用。核磁共振利用的是生物体本身的磁自旋成像，如果不是强磁场，短时间内对人体的损害比较小，而且增强核磁所用的对比剂虽也有一定的副作用，但比较轻，所以增强核磁共振更安全。

但是两者的适用范围不一样，而且有各自的适应症和禁忌症，所以不能互相替代，具体使用哪一种要根据患者的实际病情综合决定。