六岁宝宝晚上睡觉磨牙的原因很多，要根据病因进行处理，具体如下：

一、常见的原因是口腔卫生不好，有龋齿、牙龈炎或者慢性咽喉炎。通常要养成早晚刷牙、饭后漱口的习惯，积极治疗感染性咽喉炎等疾病。

二、部分宝宝磨牙与消化功能不好有关，见于脾、胃功能虚弱，消化、吸收欠佳的宝宝。此时可以给宝宝补充益生菌，调理肠胃功能，服用消食、健脾类的中成药来调理。

三、宝宝可能存在上消化系统疾病，比如急、慢性胃炎，胃溃疡等。通常要注意到是否有幽门螺杆菌感染，需要规范进行抗幽门螺杆菌的治疗

。四、少部分宝宝可能有肠道寄生虫感染，比如蛔虫、蛲虫等感染引起，如果有寄生虫的感染依据需要进行驱虫治疗。