眼睛感染有细菌感染、真菌感染或病毒感染等，需根据不同感染源予以相应的抗感染药物治疗。抗细菌药物有氨基糖苷类，如庆大霉素滴眼液、妥布霉素滴眼液、阿米卡星滴眼液等，喹诺酮类药物如氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等。磺胺类药物有15%磺胺醋酰钠滴眼液、0.1%利福平滴眼液、0.2%林可霉素滴眼液等。

抗真菌药物如那他霉素滴眼液、两性霉素B滴眼液。抗病毒药物常用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液、利巴韦林滴眼液。